הודעתי שיהיה חילול השם, משום שידעתי את המציאות
הראשון לציון והרב הראשי לשעבר, אליהו בקשי דורון נגד הרב הראשי לשעבר יונה מצגר: "נוצר חילול השם גדול עם מה שקרה עם הרב מצגר, לפני שהוא נבחר הכרזתי והודעתי שיהיה חילול השם, משום שידעתי את המציאות, קיבלתי עדויות, אך בכל אופן בחרו אותו".
את הדברים האלו אמר הבוקר הרב דורון בראיון לתחנת הרדיו "קול ברמה" כשהתבקש להתייחס לחקירה שמתנהלת במשטרה נגד הרב מצגר ולמעצרו זו הפעם השנייה בחשד למעורבות בעבירות שוחד ועבירות נוספות במהלך כהונתו כרב ראשי לישראל. הרב דורון השמיע את דעתו לאחר שבימים האחרונים נשמעה ביקורת מצד גורמים בעולם הרבנות ובפוליטיקה על כך שבציבור החרדי לא השמיעו את דעתם בעניין החקירה המתנהלת נגד הרב מצגר.
שוב: הרב הראשי לשעבר יונה מצגר נעצר בחשד לשוחד
במקום שיש בו חילול השם, אין חולקים כבוד לרב
"שאלו אותי בזמנו", אמר הרב דורון, "איך אני אומר שיהיה חילול השם אם הוא ייבחר, הרי סוף סוף הרב אלישיב תומך בו?", על כך השיב: "במקום שיש בו חילול השם, אין חולקים כבוד לרב, מוטב לפעמים לעשות חשבון נפש מוקדם ולא מאוחר".
הרב בקשי דורון עומד גם הוא במרכזה של פרשה מסועפת במסגרתה הוגש נגדו כתב אישום. כתב האישום שהוגש נגדו עוסק במעורבותו בפרשת "תיק הרבנים", במהלכה הונפקו תעודות כוזבות של הסמכה לרבנות עבור למעלה מ-1000 אנשי צבא ומשטרה. לפי כתב האישום, באמצעות התארים הכוזבים התקבלו במרמה מהמדינה באורח שיטתי מיליוני שקלים כתוספות שכר לאנשי צבא ומשטרה, שלא היה כל בסיס לשלמן.
לבטל את משרת הרב הראשי ואת המעמד הממלכתי של הרבנות
בנוסף, נדרש הרב דורון להתייחס להצעת החוק של ח"כ אלעזר שטרן (התנועה) שלפיה לא יכהנו עוד שני רבני ערים בכל עיר - רב אשכנזי ורב ספרדי, אלא רב אחד בלבד, שייבחר ברוב קולות ללא קשר לעדה שאליה הוא משתייך. "צריך בשכונות ובקהילות שני רבנים", ענה הרב, "לכל קהילה יש את הסגנון שלה". יחד עם זאת, הביע הרב דורון את דעתו בעניין הצעת החוק למנות רק רב ראשי אחד בישראל, "מספיק רב אחד. עם המשכורת והתקציב של רב ראשי שני, אפשר למנות ארבעה רבני שכונות".
יו?ר מרצ, זהבה גלאון הייתה אתמול נחרצת יותר בתגובה לתמיכת הממשלה בהצעת החוק לתקצב רב ראשי אחד במקום שניים: "במקום לעבור משני רבנים ראשיים לאחד, יש לבטל לחלוטין את משרת הרב הראשי ואת המעמד הממלכתי של הרבנות, ולאפשר חופש דת לכלל החברה וחיסכון עצום בכספי הציבור שמממנים את מוסד הרבנות הנפוטיסטי?.