ח"כ אלעזר שטרן (התנועה) נחשב לאחד ממובילי המאבק בישיבות ההסדר. בתקופה שבה שימש כראש אגף כוח אדם בצה"ל הצהיר שטרן כי יפעל בכל כוחו לצמצום השפעתן של הישיבות ואף ביטל את המחלקות ההומוגניות של לוחמי ההסדר ופיזר אותם בין מחלקות מעורבות של דתיים וחילונים.
בימים האחרונים, התחוללה סערה סביב שירותם המקוצר של בני ישיבות ההסדר. ימים ספורים אחרי סיום עבודתה של וועדת שקד שבה המשיך שטרן במלחמתו, הוא משחרר הצהרה מפתיעה ובה מתנצל בפני הישיבות, "אני לא מרגיש נוח שאני חלק מהנזק שנגרם לישיבות ההסדר", אמר שטרן בראיון לרדיו "גלי ישראל", בהמשך דבריו אמר "אני שלם עם כל מה שעשיתי".
שטרן הודה כי יש לו חלק בעיסוקה של התקשורת בנושא, דבר שהסב נזק לישיבות ההסדר, "יש לי חלק שאני לא מרגיש בנוח איתו. הייתי מאד שמח שזה לא יהיה ככה, אבל הכל היה צפוי מראש".
למרות ההתנצלות החלקית בפני הישיבות, אמר שטרן כי לשיטתו הנהגת הישיבות שגתה בהתנהלותה, "אמרתי להם 'תעצרו. תזוזו מילימטר. אל תסמכו על הכוח הפוליטי. בסוף זאת תהיה בושה להגיד 'אני הסדרניק'. הם לא זזו. לא עם משך השירות והשינויים המתבקשים".
בשבוע האחרון גברה הביקורת נגד ישיבות ההסדר. באמצעי התקשורת השונים, בהם בתוכנית "המקור" בערוץ 10 דווח על ביקורות פתע שמיודעים עליהן מראש, מסרונים בין תלמידי הישיבה להופיע לביקורות, תלמידים שעובדים ומבלים במקום להימצא בשיעורים ועוד על ישיבות שנהנות מגב פוליטי של "הבית היהודי" שמשתמש בקולם בבחירות.
בעקבות כך, הוציאה מועצת רבני "צהר" הודעת תמיכה בישיבות ההסדר: ראשי ישיבות ההסדר ועשרות אלפי תלמידיהם משמשים דוגמה אישית בבניית עולם של תורה המשלב נשיאה בנטל הלאומי המשותף עם החברה הישראלית. בני ישיבות ההסדר משרתים בצה"ל בשדה הקרב בסדיר ובמילואים לצד לימוד תורה ומשימות לאומיות נוספות.
הרבנים קראו לממשלה לחזק את המפעל החיוני הזה, תוך שמירה על התאמת התלמידים למסגרת ייחודית זו וציינו כי צהר מושתת ברובו על מאות רבנים ציוניים בוגרי ישיבות ההסדר התורמים מזמנם למען החברה הישראלית.
גם ארגון רבני בית הלל קרא לעצור את המתקפה על ישיבות ההסדר, "תלמידי ישיבות ההסדר הלומדים תורה בשקידה רבה ובמקביל לוקחים חלק משמעותי בנטל של השירות הצבאי. אנו מחזקים את ישיבות ההסדר שתרומתם גדולה ומשמעותית לחברה הישראלית.
"מרבית מתלמידי ישיבות ההסדר משרתים ביחידות קרביות ומוסרים את נפשם למען המדינה הן בשרות הסדיר והן בשרות המילואים. בחלוף השירות ממשיכים בוגרי ישיבות ההסדר לתרום לחברה הישראלית ולהתמסר למימוש החזון הציוני. אנו קוראים להידברות כנה ושיתוף פעולה בין הקבוצות השונות בחברה ולהימנע מהשתלחות כוחנית שהינה אי צדק מוחלט וכפיות טובה כלפי ישיבות ההסדר".