בעקבות ביקורת שמתחו רבנים בכירים וגורמים נוספים על כך שקייטנות הקיץ של משרד החינוך ממומנות בשיתוף הקרן לידידות, המתבססת בין היתר מתרומות מנוצרים, משרד החינוך החליט הבוקר (ראשון) לוותר על תרומת 40 מיליון שקל של הקרן ולממן בעצמו את המיזם כולו. במשרד הדגישו כי הקרן תייעד את התקציב לטובת פרויקט אחר.
התרומה של הקרן לידידות עוררה בשבועות האחרונים סערה. רבנים בכירים בציונות הדתית, גורמים בציבור הדתי?לאומי ובחמד מחו נגד תוכנית משרד החינוך לקיצור החופש - "קיץ של ידידות", משום שהיא תמומן מכספי הקרן לידידות. באמצעות הגוף הזה, כך נאמר בהודעה שפרסמו המתנגדים, נעשות פעולות בשיטת המיסיון הסמוי, וההורים והמוסדות הדתיים אינם מוכנים לשתף פעולה עם ניסיונות השפעתו.
על אף שבמשרד החינוך הדגישו שלא תהיה התערבות של הקרן בתכני הקייטנות, החשש המרכזי של מתנגדי המימון הוא שלמרות זאת הקרן תתערב בנסתר בתכנים. כאמור, בעקבות הביקורת, החליט משרד החינוך לוותר על התרומה של הקרן לידידות.
במשרד אמרו בתגובה כי הקרן לידידות תייעד את התקציב שתכננה תחילה להקצות לבתי הספר של החופש הגדול לטובת הקמת "כפר הידידות". מדובר במתחם חוויתי מיוחד אשר יפעל בנפרד מהתכנית של משרד החינוך ואשר ייעוד לילדים בעלי צרכים מיוחדים, ילדים החולים במחלות קשות, ילדי פריפריה ועוד. התוכנית בתי הספר של החופש הגדול תמשיך כרגיל בלא שינוי.