מעשהו של פנחס עלול להעניק השראה לקיצוניים שרוצים לקחת את החוק לידיהם, ולעשות שפטים בשונאיהם. אולם בדיקה קלה במקורותינו מגלה שעל אף העובדה שפנחס זכה לקבל "יישר כוח" מבורא עולם, אין ללמוד ממנו שפגיעה באחרים מתוך קנאות היא לגיטימית. ישנה שורה של תנאים הכרחיים שהצדיקו את מעשהו של פנחס, ואלה לא קיימים בדרך כלל במקרים אחרים.
ראשית הפגיעה באחר מותרת רק בשעה שהוא עושה את העבירה או עומד לעשותה. כדברי הרמב"ם: "ואין הקנאי רשאי לפגוע בהן אלא בשעת מעשה כזמרי" (איסורי ביאה יב, ה).
שנית, פנחס פעל כדי לבלום סכנה מוחשית של הכחדת עם ישראל. בני ישראל החלו לזנות בהמוניהם עם בנות מדיין והתפתו לעבודה זרה של בעל פעור. כעונש אלוהי החלה בקרבם מגפה שהפילה עשרים וארבעה אלף חללים, שנעצרה רק במעשהו החריג של פנחס. סכנת החורבן הטוטאלי מודגשת בדברי הרמב"ן שכתב כי רק בזכות מעשהו "לא מתו כולם במגפה", ואבן עזרא שציין כי "לולא הוא שקינא, הייתי מכלה את כל ישראל בדבר בקנאתי".
שלישית, לדברי חז"ל, פנחס הרג את זמרי רק אחרי שקיבל למעשה זה את אישורה של הסמכות המוסמכת ביותר, משה רבנו. הוא פנה אל משה בשאלה: "לא כך לימדתני ברדתך מהר סיני - הבועל את כותית קנאין פוגעין בו? אמר לו: קריינא דאיגרתא איהו ליהוי פרוונקא (=הקורא את האיגרת יהיה שליח לבצע את הכתוב בה). לפי הבנת חכמים, לא היה פנחס מבצע את מעשהו מבלי שהעומד בראש העם בעצמו נתן לו אישור לביצוע המשימה.
רביעית, פעולתו של פנחס זכתה לברכת שמים, משום שהייתה כל כולה לשם שמים, מתוך דבקות טהורה, ובלא שהיה מעורב בה אף לא שמץ של אינטרס אישי או של רגש בלתי נשלט. מרכיב זה של מעשהו מודגש בדברי ה' "בקנאו את קנאתי". פנחס קינא אך ורק את קנאת ה', וביטל את אישיותו כליל להגשמת האידיאל האלוהי. לא במקרה מדבר רמח"ל על שימוש חיובי בתכונת הקנאה רק בפרק יט של ספרו 'מסילת ישרים', כחלק ממידת החסידות, הנמצאת במקום גבוה ביותר בסולם המידות. אין ספק שאיש בזמננו איננו יכול להתיימר בדרגה רוחנית כה גבוהה כפי שנדרש מקנאי לשם שמים. לפיכך פגיעה באחרים מתוך קנאות איננה יכולה להיחשב כלל כאופציה עבור שום אדם בשום מצב.
מעבר לכל מרכיבי הקנאות שציינו, אשר העניקו לגיטימציה לפנחס, חשוב לציין שאף הוא נדון לכף חובה על ידי השבטים, על ידי חכמים ועל ידי המלאכים. באשר לשבטים נדרשה ברכה מיוחדת לפנחס "לפי שהיו השבטים מבזים אותו (רש"י על פי המדרש). לגבי חכמים - התלמוד הירושלמי (סנהדרין ט,ז) קובע שפנחס פעל "שלא ברצון חכמים", וכי חכמי ישראל "ביקשו לנדותו, אלמלא שקפצה עליו רוח הקודש" ונתנה גושפנקה למעשהו. ובאשר למלאכים אומרת הגמרא (סנהדרין פב, א): "ביקשו מלאכי השרת לדוחפו, אמר להם הקב"ה: הניחו לו".
מתוך העימות של פנחס שעמד כצוק איתן מול זמרי, אנו באים אל מבצע 'צוק איתן' שבו יוצאת ישראל נגד הטרור הפלסטיני. אנו כואבים כמובן את הפגיעות באזרחי ישראל, אולם שאלה מעניינת היא: מה צריך להיות יחסנו אל הפגיעות בפלסטינים? שני פסוקים בספר משלי מכוונים אותנו לשני כיוונים סותרים. מצד אחד אומר שם פסוק מפורש: "באבוד רשעים רינה" (יא, י), ומצד שני נאמר במשלי: "בנפול אויבך אל תשמח" (כד, יז).
על פי דרכם של כמה ממפרשי המשנה (אבות ד, יט) נראה שיש להבחין בין שמחה לאיד שנובעת מרגשות נקם, שהיא פסולה לחלוטין, ובין תחושת סיפוק הנובעת מאכפתיות לכבוד שמים ולגורל עם ישראל. כל שמחה לאיד היא פסולה, ולכך התכוון הפסוק המדגיש "בנפול אויבך" שאתה רואה בו אויב אישי שלך, לעומת זאת "באבוד רשעים" כאשר ההסתכלות היא על מעשי הרשע כלפי ה' וכלפי עמו, יש הצדקה לרינה.
נמצא אפוא שכמו בעניין הקנאות המחייבת כוונה לשם שמים ולא לשם אינטרסים אישיים, גם ביחס לאויבי ישראל, יש משמעות לגורם הכוונה. אין מקום לשמחה לאיד אבל יש מקום לרינה שצריכה לבוא לידי ביטוי בהודיה ל-ה'. דומני שכיום יש לנו חובה גדולה ומיוחדת של הודיה על כך שלמרות מספרם העצום של אויבינו, וחרף המספר הגדול של רקטות שנורו עלינו, מספר הנפגעים ברוך ה' קטן, ועודנו ניצבים כצוק איתן במאבק המתמשך על קיומנו.