שבוע אחרי ששרת המשפטים ציפי לבני מינתה את מנכ"לית משרדה אמי פלמור למנכ"לית זמנית של בתי הדין הרבניים, נשיא בית הדין הרבני הגדול, הרב הראשי יצחק יוסף, פרסם הערב (רביעי) מכתב ששיגר לשרה. "הופתעתי לקרוא כי מינוי מנכ"לית משרד המשפטים למנהלת בתי הדין, נעשה עקב ויכוח עם הרבנות", כתב יוסף. "נעניתי מידית למינוי שהצעת. המינוי הזמני נעשה ללא תיאום ובניגוד לחוק הדיינים, ועשוי לגרום לפגיעה קשה בהמשך תפקוד בתי הדין".
את זהותו של המנכ"ל החדש אמורים לקבוע שרת המשפטים ונשיא בית הדין הרבני הגדול. הליך הבחירה הוא של השניים, אולם אם המועמד אינו בעל הסמכה לדיינות, המינוי דורש את כינוסה של הוועדה למינוי דיינים. מי ששימש בארבע השנים האחרונות בתפקיד המנכ"ל הוא הרב שלמה דיכובסקי, שפרש ממנו בסוף השבוע באופן סופי.
לפי הודעה שפרסמה לבני ביום חמישי, היא מינתה את מנכ"לית משרדה, לפחות באופן זמני, בעקבות אי הסכמה עם הרב יוסף. אלא שלרב יוסף יש גרסה שונה, "לצערי, הפרסום אינו משקף את המציאות הנכונה. אך לפני ימים אחדים קיימת אתי שיחה אחת ויחידה בנושא המנהל החדש וביקשת את הסכמתי למינוי הדיין הרב שלמה שטסמן למנהל וקיבלת את הסכמתי על אתר. למרבה הצער, הרב שטסמן טרם נתן את הסכמתו ומאז לא הבאת לפני הצעה אחרת. לפיכך, אין מובנת לי הטענה בדבר 'ויכוחים עם הרבנות הראשית'".
מינויה של מנכ"לית משרד המשפטים, כך הוא טוען, נעשתה ללא הסכמתו ומציבה גם בעיה חוקית עקב חוסר יכולתה למלא את הצרכים של בית הדין הרבני בשל אי מינויה על פי חוק הדיינים. לדבריו, פלמור לא תוכל לבצע פעולות מסוימות ומוסיף כי בשל העובדה שהמינוי לא נעשה על פי חוק הדיינים. "לא יהיה מנוס מדחיית דיונים רבים בהתאם לשיקול דעת הדיינים בהרכבים החסרים והמקוטעים. למותר לציין את הסבל הרב והמיותר הנגרם עקב כך לציבור הרחב".
במכתב הוא גם מציע פתרון זמני לעומס הדיינים בבית הדין הרבני הגדול, על החוסר החומר בדיינים בבתי הדין האזוריים ועל ההשלכות שנגרמות עקב כך לציבור הרחב הצורך את שירותיהם של בתי הדין.
מדובר בפעם הראשונה שסמכויות מנכ"ל בתי הדין ניתנו בידי אישה. לאחרונה, עולות הקריאות לפתוח את התפקיד גם לנשים. הצעת חוק לפיה נשים יוכלו להתמנות לתפקיד המנכ"ל אף אושרה בקריאה טרומית על ידי מליאת הכנסת, וככל הנראה העובדה כי המינוי נעשה ללא הסכמתו של הרב יוסף, והחיזוק שיצרה בכך שרת המשפטים, הוביל למכתב ששיגר הרב יוסף.