הרבנות הראשית לישראל דורשת מהרב אריה שטרן, המועמד המוביל לכהונת הרב האשכנזי בירושלים, הבהרות סביב סוגיית כושר רב העיר שהוא מחזיק, וזאת לצורך בחינת מועמדתו לרב העיר. לוואלה! יהדות נודע כי הפנייה היא בעקבות מידע שהועבר על ידי מספר גורמים בטענה ש"הרב קיבל את תעודת הכושר בצורה לא חוקית" ונוסף על כך שתעודתו איננה בתוקף. בשל כך, הרב התבקש על ידי עו"ד הראל גולדברג, היועץ המשפטי של הרבנות, להבהיר את עמדתו. הרב עדיין מגבש את עמדתו.
בשנת 2009 הסמיכה מועצת הרבנות הראשית לישראל ועדה של שלושה רבנים - הרב רצון ערוסי, הרב שלמה אליהו והרב יעקב רוז'ה (בהחלטת המועצה לא נקבע מי יהיו חברי הוועדה). תפקידה היה לבדוק האם הרב שטרן ראוי לקבל כושר רב עיר על בסיס בחינות בעל פה - ולא בכתב, כנדרש. הוועדה התכנסה בביתו של אחד מהרבנים ובסיומה, כך לפי הפרוטוקול, רק אחד מחבריה חתם על החלטה לפיה יש להעניק לרב שטרן כושר רב עיר כ"גדול בתורה", בעוד חתימותיהם של שני רבנים נוספים לא הופיעו, מה שמעלה סימני שאלה רבים.
כינוסה של הוועדה מעלה שאלה משפטית שנבדקת כעת על ידי עו"ד גולדברג, שכן רק מועצת הרבנות הראשית לישראל מוסמכת להעניק כושר במסלול "גדול בתורה", כפי שקיבל הרב שטרן. לפיכך, אפשרות של האצלת סמכויות לועדה מקרב חבריה, היא מנוגדת לחוק.
בעיה נוספת היא שאחד התנאים המרכזיים למתן כושר לרב עיר כ"גדול בתורה" הוא ששני הרבנים הראשיים יתמכו במתן התעודה. במקרה של הרב שטרן, כך טוענים גורמים משפטיים, התמיכה הגיעה מהועדה של שלושת הרבנים, כך שתמיכתם של הרבנים הראשיים איננה רלווטנית. מעבר לכך, עולה כי על הרב שטרן היה לחדש את התעודה כבר בשנת 2012 מאחר שהיא תקפה למשך שלוש שנים בלבד, אך הוא לא עשה כן.
עו"ד מנחם מושקוביץ, שהעלה את הטענות בפני הרבנות הראשית לישראל, טוען כי "לאור האמור עולה שהתעודה שניתנה לרב שטרן, הוענקה בחוסר סמכות ולכן דינה להתבטל, וזאת בנוסף לכך שכיום התעודה איננה בתוקף". פנייתו של מושקוביץ לרבנות הראשית ולמשרד לשירותי דת הובילה לדרישה מהרב שטרן להבהיר את הדרך שבה קיבל את תעודת הכשירות שלו.
ברבנות הראשית לישראל אמרו בתגובה כי "עניין סמיכת הרבנות של הרב אריה שטרן עודנו בבדיקה, והוא מטופל על פי החוק". במידה ויתברר כי תעודתו של הרב שטרן איננה חוקית, כך שלא היה לו מעולם תעודת כושר לכהונת רב עיר, עומד בפניו מכשול נוסף והוא הסכם שנחתם בין תנועת "נאמני תורה ועבודה" והרבנות הראשית, לפיו עד לקביעת קריטריונים ברורים לא תוכל הרבנות לעשות שימוש במסלול "גדול בתורה". האבסורד הגדול הוא שמי שחתום על ההסכם הוא עו"ד פרופ' אביעד הכהן, שמייצג גם את הרב שטרן.
במידה ויתברר שהרב יצטרך לחדש את תוקפה של התעודה, ההליך ידרוש את כינוסה של מועצת הרבנות הראשית, מה שגם מטיל בספק את מועמדתו לתפקיד רב העיר ירושלים בבחירות שיתקיימו בעוד פחות מחודש. דוברו של הרב שטרן מסר בתגובה לוואלה! יהדות כי "לכל הדעות, הרב שטרן פעל לכל אורך הדרך לפי כל דין. הערעור כל כושרו כרב הינו חלק ממסע רדיפות מצד העסקונה החרדית הפוליטית ואין בו ממש. למרות רדיפותיהם, הרב אריה שטרן יהיה רבה הראשי של ירושלים".
יש לציין כי בחודש פברואר, במענה לפניית וואלה! יהדות, השיבה הרבנות הראשית לישראל ש"הרב אריה שטרן הוא בעל כושר לרב עיר מטעם הרבנות הראשית לישראל". לאחר שנשאלו באיזה סוג כושר הוא מחזיק השיבו כי "הרב שטרן מחזיק בכושר רב עיר כגדול בתורה, שניתן לו בחודש אב תשס"ט". גורמים המעורים בנושא מתחו ביקורת על כך שברבנות לא בדקו את הנושא כבר מאז, "תמוה לנו שהם ידעו על כך שהוא צריך לחדש את הכשירות שלו אך למרות זאת בחרו להעלים עין ולדחות את זה עד סמוך למועד הבחירות כדי לנסות לסכל את מועמדתו".
הרב אריה שטרן, מועמד הציונות הדתית שנתמך על ידי ראשי "הבית היהודי" וראש עיריית ירושלים, ניר ברקת, נחשב למועמד מוביל במרוץ והמגזר החרדי ניסה עד כה להערים קשיים על מועמדתו. באם תיפסל מועמדתו, יהיה זה ניצחון מוחץ עבור החרדים.
לפני חודש, קבעה וועדת הבחירות לבחירות רבני העיר את כ"ז תשרי, ה-21 באוקטובר, כתאריך הבחירות ומי שהגישו את מועמדותם לתפקיד הרב האשכנזי הם: הרב אריה שטרן והרב אליהו שלזינגר. לתפקיד הרב הספרדי הגישו: הרב חיים אמסלם והרב מרדכי טולדנו. באוויר מרחפת השאלה האם הרב הראשי לשעבר, שלמה עמאר, שנמצא בסכסוך עם מנהיגי ש"ס, יגיש בקרוב את מועמדתו לתפקיד הרב הספרדי.