רבים סבורים שתפיסות מיסטיות ודתיות התפתחו על רקע הבערות של ימי הביניים, "עידן החושך". האדם הפרימיטיבי, כך הם סבורים, חש חסר אונים מול המציאות המאיימת והבלתי מובנת, ולכן המציא לעצמו הסברים שונים ומשונים על הכוחות שמאחוריה. יש מחלות? השדים אשמים. בצורת? זעם האל. כך התרחק האדם מהמחשבה הרציונלית ושקע במיני אמונות טפלות.
אבל האמת שונה לגמרי. האנשים המשכילים בימי הביניים לא הרגישו בכלל שהם חיים בחושך. להפך, תמונת המציאות היתה נהירה וברורה להם לחלוטין. אותם אנשים האמינו שהם מבינים מצוין את הטבע. העולם היה מאד פשוט: ארבעה יסודות, שבעה כוכבי לכת, 18 גלגלים, ארבע לחויות באדם, גוף ונפש, חומר וצורה וכן הלאה. הכל מובן, מסודר והגיוני. רק תקרא את אריסטו והיפוקרטס ותשתמש בהיגיון שלך, ותכיר היטב את כל המציאות. נכון, היו כמה תופעות לא מובנות, מחלות ואסונות טבע בלתי נשלטים. אז מה? גם היום יש כאלה, וזה לא גורם לנו להרגיש אבודים בחושך. ואגב, הסיפורים על הכנסייה רודפת-המדענים ושורפת-המכשפות מופרכים ברובם. לאורך ימי הביניים הכנסייה עצמה הכחישה את קיומן של מכשפות, והמדענים היחידים שנרדפו ג'ורדנו ברונו וגלילאו גליליי נרדפו בעיקר בעקבות סכסוכים אישיים ולא בגלל תעוזתם המדעית.
דווקא התפיסה הרציונליסטית, לפיה השכל וההיגיון יכולים להכיר את המציאות ולקבוע אפריורי מה הגיוני ומה לא, היא שריד מימי הביניים. באותה תקופה יכול היה חכם כמו הרמב"ם להכחיש את קיומם של שדים וכישוף באותה נשימה בה שלל את אפשרות קיומה של "ספינת ברזל ששטה באוויר". הרי ההיגיון סותר זאת! ודווקא כשהתחיל לפרוח המחקר המדעי, בתקופת הרנסנס והלאה, החל האדם להבין את מגבלותיו של ההיגיון. פתאום התברר, שכשמתבוננים היטב במציאות, מגלים שהיא שונה לגמרי ממה שחשבנו עד כה והיא לא מפסיקה להפתיע. גם דברים שהיו ברורים ומובנים מתגלים כמסובכים ומבלבלים, ומה שחשבנו שהוא בלתי אפשרי הופך למציאות יומיומית. ואם ספינת ברזל מעופפת היא אפשרית, אז למה לא כישוף ושדים? אייזיק ניוטון, מייסד הפיזיקה המודרנית ומגדולי המדענים בכל הדורות, היה בעצמו גם איש תורת הנסתר, ואף עסק בה יותר מאשר במדע. המדע גילה שהמציאות מלאה באפשרויות בלתי מוגבלות; בכך הוא פתח את הפתח גם לנסתר.
בתקופתנו אנו, כשאדם צריך ללמוד כמה תארים בפיזיקה רק כדי להבין ממה מורכב הכיסא עליו הוא יושב, ואפילו אז הדברים לא יהיו ברורים עד הסוף; כשמדענים בכירים טוענים שהיקום עשוי להיות בעצם תוכנת מחשב או הולוגרמה, ושיקומים רבים, שונים ומוזרים קיימים מעבר לפינה; כשדיונים בין פיזיקאים נשמעים פנטסטיים יותר מויכוחי גיקים בכנס מדע בדיוני - דווקא היום אמור האדם המשכיל להכיר בקיומו של החושך, המסתורי והלא מובן, ולא לשלול שום דבר שלא נבדק עד הסוף. כי ככל שיודעים פחות, "מבינים" יותר, וכל שיודעים יותר מבינים פחות.
נכון, נדרשת זהירות כשנכנסים לשטח המסוכן הזה. אפשרות קיומן של מכשפות לא מצדיק את שריפתה של כל זקנה תימהונית, וייתכנותה של תורת הנסתר לא מצדיקה נהירה עיוורת לפתחו של כל מאחז עיניים. גם היומרה לחקור ולהבין את מסתרי המציאות היא מסוכנת ופעמים רבות הרסנית. הגישה הרציונלית היא לאזן בין חשיבה ביקורתית לבין פתיחות לכל אפשרות; להשתמש במדע אך להיות מודעים למגבלותיו. לזכור את דבריו של שייקספיר: "יש דברים רבים יותר בשמים ובארץ ממה שהפילוסופיה שלך מעלה בדעתך".
בכל ארמון צריכה להיות דלת נעולה שאיש אינו יודע מה נמצא מאחוריה. אסור לפתוח אותה, ואסור לוותר עליה. תפקידה הוא בעצם קיומה, ובאפשרויות הבלתי מוגבלות שהיא מסתירה מאחוריה. תורת הנסתר היא הדלת הזו בעולמנו. כמה טוב שהיא תמיד שם.