מנהיגי הציבור הליטאי הורו חד משמעית לבתי הספר, תלמודי התורה והישיבות להמשיך בלימוד כרגיל חרף החלטת הממשלה ומערכת החינוך. במספר מוקדים בירושלים, תל ציון, פתח תקווה ועוד הגיעו פקחי העירייה לאכוף את איסור הלימודים בבתי הספר. הרב חיים קנייבסקי (86) והרב גרשון אדלשטיין (92) ממשיכים בהוראתם עקב כך שסכנת אי לימוד תורה מסוכנת יותר מהקורונה.
לעומתם, נשיא מועצת חכמי התורה הרב שלום כהן (ש"ס) הורה להישמע להוראות משרד הבריאות ולעצור את הלימוד בתלמודי התורה והישיבות. חבר מועצת חכמי התורה, בנו של מרן הרב עובדיה יוסף זצ"ל, דיבר בחריפות על כך שלא ניתן לסמוך על הנס ועל דברי נבואה כלשונו ולהמשיך בלימוד התורה בהתקהלות חרף הוראות משרד הבריאות.
האדמו"רים, מנהיגי אגודת ישראל - המגזר החסידי, ברובם הגדול הורו על שמיעה ואכיפה קפדנית של הוראות משרד הבריאות. בחסידות גור, האדמו"ר (פטרונו של שר הבריאות הרב יעקב ליצמן) הורה על ביטול ההתכנסויות בשבת ועצירת התפילה בבית המדרש המרכזי.