עם פרוץ הגל השני של הקורונה והשפעותיו הנרחבות על המשק עלה החשש כי מבחני הרבנות הראשית לא יוכלו להתקיים במתכונתם, דבר אשר היה גורם לפגיעה בציבור האברכים ובני התורה, אשר מתכוננים במשך שנים למבחנים.
בעקבות כך, ביקש הראשון לציון הרב יצחק יוסף לגבש מתווה המאפשר את קיום בחינות הרבנות הראשית בהתאם לדרישות משרד הבריאות.
לאחר הוראת הראשון לציון, גובש מתווה מוסכם, כדלהלן: על מנת לשמור על בריאות המשתתפים ולעמוד בהנחיות משרד הבריאות, הבחינות מתקיימות כך שכמות המשתתפים בכל יום בחינות מוגבלת ל-300 משתתפים ובהתאם לכך הוארכו ימי הבחינה. כלל הנבחנים נדרשים למלא הצהרת בריאות ולבצע בדיקת חום בטרם יציאתם מהבית, נוסף לכך, עליהם לעמוד בתקנים מחמירים מבחינה בריאותית על מנת לשמור על תקנות הבריאות.
עוד במתווה שגובש: בכניסה למתחם הבחינות הוקמו מספר עמדות רישום על מנת למנוע התקהלות מיותרת בכניסה למתחם. לאחר מכן הנבחנים נכנסים למתחם דרך "שרוול" סטרילי אליו ניתן להיכנס תוך שהנבחן חובש מסיכה ורק לאחר שנבדק שוב.
הנבחנים נדרשים להישאר עם מסיכה במשך כל המבחן. במהלך הבחינות הנבחנים מחולקים לכיתות ובקפסולות נפרדות בהתאם להנחיות משרד הבריאות.
הבחינות עצמן מתפרסות על פני מספר ימים נוספים וכן במוקדי בחינה שונים כאשר הן מתקיימות ב'בית הארחה בית וגן' ובבניין ישיבת 'נתיב מאיר'.
במהלך הגל הראשון של הקורונה, בוטלו מבחני הרבנות של חודש ניסן עקב ההגבלות. כעת, כאמור, גובש מתווה שהסדיר את הסוגייה והמועד השני של המבחנים יצא לדרך, תוך הקפדה על הנחיות משרד הבריאות.