בראש ענף ההלכה של הרבנות הצבאית עומד סא"ל הרב אודי שוורץ, ופסקי ההלכה עוברים גם את אישורו של הרב הראשי לצה"ל, תא"ל הרב איל קרים.
ההנחיה הראשונה נוגעת לצום תענית אסתר, ולפיה, יש לאפשר לכל חייל המעוניין בכך לצום, בהתאם לפקודת מטכ"ל, למעט חיילים שעסוקים בלחימה או עשויים להיכנס ללחימה "בטווח הזמן מיידי" או שהם עסוקים במשימות ביטחון שוטף ומשימות אבטחה במחנות עורפיים. במקרה כזה, הם מחויבים לאכול כדי לשמור על כשירות מבצעית. כך גם ינהג כל מי שנדרש לפעילות פיזית הקשורה למאמץ המלחמתי.
ענף הלכה ברבנות הצבאית ציין כי "תענית אסתר קלה יותר מתעניות החורבן, והקלו בה גם למי שמצטער אף שאיננו חולה ממש. יתר על כן, השנה תענית זו אינה בזמנה, ולכן כל מי שמתעורר אצלו ספק, שמא התענית תפגע ביכולתו לסייע ולתמוך באופן מיטבי את המאמץ המלחמתי, יתמיד במלאכתו ולא יתענה", כמובן תוך היוועצות ברב היחידה. אם חייל אכל או שתה בצום מפני צורך ולאחר מכן מתאפשר לו לצום בשאר היום, יתענה עד סיום הצום.
בעניין קריאת המגילה, פסקה הרבנות הצבאית שמי שיודע בוודאות שבמהלך י"ד באדר ב' יהיה בפעילות מבצעית שלא תאפשר את קריאת המגילה, רשאי להקדים ולקרוא את המגילה כבר מי"א באדר ב', אך בלא ברכה. בנוגע לקריאה ביום הפורים עצמו, ביקשו ברבנות הצבאית להדגיש כי "קריאת מגילה בשטח אויב או באזורים מאויימים - תתבצע אך ורק בהתאם להנחיות המפקדים בגיזרה. אין להתקהל או להסתכן לצורך קיום מצוות קריאת מגילה".
חייל שנמצא בלא מניין, יקרא את המגילה ביחידות, ויברך לפני הקריאה, אך לא לאחריה. כאשר אין בעל קורא שיוכל לקרוא את המגילה כהלכתה בניקוד ובטעמים, הציעה הרבנות הצבאית שאחד החיילים ירכיב אוזניות ובהן ישמע הקלטה של הקריאה, ועל פי ההקלטה יקרא מתוך מגילה כשרה. אם אין מגילה כשרה, אלא רק מגילה מודפסת, יקראו ממנה בלא ברכה.
חייל שיוכל לשמוע את המגילה רק באמצעות מכשיר קשר - אינו יוצא ידי חובה. אמנם, אם אין לו כל אפשרות לשמוע בדרך אחרת, ראוי שישתדל לפחות לשמוע את הקריאה בדרך זו, אך לא יברך על הקריאה, אלא יתכוון לצאת ידי חובה בברכות ובקריאה הנשמעת מרחוק.
הנחיות מפורטות ניתנו גם לגבי שאר הלכות הפורים כמו מתנות לאביונים. כך, למשל, חייל שלא יתאפשר לו להעביר מתנות לעניים בפורים יקדים וימנה שליח לפני החג, שייתן את המתנות במקומו. אם לא מינה שליח, כתבו בענף ההלכה ש"יפריש את המעות עבור העניים ביום הפורים, וישמרם אצלו עד שיזדמן לו ליתנם לעניים". גם ביחס למשלוח מנות נקבע כי ראוי שחייל יקנה או יביא עמו מביתו משלוח כדי לתת לאחד מחבריו, אך אם אין לו אפשרות יוכל לקיים את המצווה בהעברת מנת האוכל שלו לחברו. אגב, בענף ההלכה הדגישו: "פשוט שחיילים בצבא אסורים בשתיית יין, שהרי ביטחון הציבור מוטל על כתפיהם ועליהם לשמור על צלילות דעת".
גורמים ברבנות הצבאית סיפרו כי בשבועות האחרונים התקבלו מאות שאלות הלכתיות הנוגעות לקיום מצוות חג הפורים בזמן המלחמה. "רבני ענף ההלכה נותנים מענה ברור ומיידי לכל שאלה או פנייה, כדי שכלל חיילי צה"ל ומפקדיו יוכלו לחגוג את הפורים בצל המלחמה. כולנו תקווה, שהחג יביא איתו שמחה אמיתית וניצחון גדול של עם ישראל".